橘总研发现英利政美想利用第7世代协议打通现实和网络世界，于是炒掉之。英利政美将自己上传到网络世界，后被橘总研杀死。
网络上英利政美带领自己的信徒的kights用教授的实验资料将孩子们的集体无意识通过“KIDS”在网络集合产物就是“Lain”，用肉体固定了就变成岩倉玲音，岩倉玲音天生可以不用外部设备打通网络和现实世界，通过网络世界里能操纵集体无意识对现实世界产生物理影响。
岩倉玲音自我薄弱，而英利政美为了实现这一目的为岩倉玲音制造了一个家，通过让岩倉玲音同学千砂自杀之后给玲音发邮件引起其对网络的好奇，同时不时寄新型电脑和部件给玲音，网络上也帮助玲音。同时也在利用Lain在网络上和赛伯利亚进行实验。玲音在网络上的人格面具为レイン
岩倉玲音发现了Lain，加上和橘总研的谈话对kights产生了怀疑，レイン曝光了kights的名单被橘总研杀死。英利政美用Lain控制了橘总研同时杀死了其两名手下。
英利政美进一步引诱岩倉玲音打破现实和网络的界限，被玲音对爱丽丝的友情阻止，玲音让时间回流到英利政美被炒之前，自己留在了网络世界。
在了解玲音的剧情前，我们先要为玲音周围的世界作一些解释与假设，跟着才可以深入解释其中的来龙去脉。
三个世界、两个组织、一个对立面
在剧中其实有三个世界：现实物质世界、网络世界和人的潜意识网络。现实世界就不用多说了，网络世界就是一个像互联网的东西，而人的潜意识网络就是一个可以控制人思想的领域。在这三个世界中，以网络世界为最高级，最重要的。谁控制了网络世界的protocol，谁就控制这三个世界(聪明的读者可能发现其实还有第四个世界，就是两个玲音在Layer13所论及的，比网络世界更高级。)。
在剧中有两个组织，就是为了争夺网络世界protocol的控制权而互相斗争。其中一个组织橘总研，另一个就是以英利政美为首的骑士集团。这形成了题目中所指的『一个对立面』。而玲音就正正站在这个对立面之中，成为骑士集团的斗争工具。
故事的起源
故事的开始当现不是在千砂自杀开始。一切的事其实由英利政美发现如何控制人的潜意识网络开始。橘总研发觉这发现的潜力后
“神”:“Lain,你和我一样，一直普遍存在于网络世界中。因此，无论在哪里，无论在谁身边，都时刻存在着你。”
Lain:被创造出来的程序，存在于网络中。发展到后来，被她的创始者赋予了肉体，作为她本身的全息投影安置在现实世界中。她的创世者为她的肉体安排了家庭、学校，让她能正常地在现实中生活。然而，肉体Lain终究接触到了网络世界，并发现了另一个存在于网络上的她，也就是真正的自己——拥有不同的人格，在网络中拥有极其强大的力量
【玲音】如此晦涩的赛博朋克作品最后居然是百合还真是奇葩啊
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